Het verzoek van de Gelderse Kerken, eigenaar van de Grote Kerk Wageningen, om het Flentrop orgel in de Grote Kerk op te nemen in de lijst van orgels met monumentale waarde, is door de Rijksdienst voor het Culturele Erfgoed gehonoreerd. Daarmee heeft het wederopbouw orgel uit 1955 de status van ‘rijksmonument’ gekregen.
Het bijzondere orgel werd in 1955 gebouwd door de firma Flentrop (Zaandam) met gebruikmaking van enig materiaal uit het in 1945 verwoeste orgel van dezelfde firma (uit 1944). Het instrument kan worden gezien als onderdeel van een ‘drieling’. In opzet en omvang vergelijkbare instrumenten kwamen tot stand in Doetinchem (1952) en Eslöv (Zweden, 1953). Het orgel in de Grote Kerk Wageningen is geconcipieerd als onderdeel van de wederopbouw van de zeer zwaar beschadigde kerk. Kerk en orgel vormen als zodanig een belangrijk ensemble uit de tijd van de wederopbouw. Bovendien zijn de technische aanleg en het klankbeeld van het orgel goed bewaard gebleven.
Kort na de verwoesting van de kerk en het oude orgel uit 1804 in 1940 werd door de orgelbouwer Flentrop een voor die dagen revolutionair nieuw instrument gebouwd. Het werkte geheel mechanisch (en niet zoals toen gebruikelijk was, elektrisch of pneumatisch). Daarmee zette Flentrop als eerste in ons land de stap naar een trend die de oude historische orgels uit de 18e eeuw als inspiratiebron verkoos. Toen dit instrument in 1944 helaas opnieuw door oorlogsgeweld werd aangetast, gebruikte Flentrop na de oorlog gedeeltes van het orgel die nog bruikbaar waren, bij de bouw van een nieuw, drieklaviers instrument. Het werd in 1955 voltooid en het is één van de bijzondere, artistiek hoogwaardige voorbeelden van de nieuwe orgelbouwstroming, die van de Wederopbouw. Flentrop inspireerde hiermee vele orgelbouwers tot het maken van soortgelijke instrumenten. Redenen voor de Rijksdienst voor het Culturele Erfgoed om het op te nemen in de lijst van orgels met monumentale waarde.
“Zeer verheugend, omdat daarmee erkend is dat dit prachtig klinkende instrument een bijzondere plaats inneemt in de Nederlandse, wereldberoemde, orgelgeschiedenis”, aldus Gonny van de Maten, concertorganist die wekelijks op het orgel in de Grote Kerk studeert.